Majlis Fatwa Kebangsaan di Malaysia tidak pernah mengeluarkan fatwa bahawa Wahabi sebagai ajaran sesat atau fahaman sesat .Ia adalah khilafiah (pertikaian) di mana timbul persoalan mengenai takwil (tafsiran).
Jemaah haji Malaysia yang mengerjakan haji di kota Mekah tidak pernah mempertikaikan amalan tidak membaca qunut oleh imam di kaabah. Jemaah Islam juga akur dengan arahan tidak menziarahi makam-makam tertentu malahan makam nabi Muhammad di Madinah. Mereka akur dengan perbezaan tersebut kerana telah dimaklumkan semasa kursus haji yang diberikan oleh pegawai dari Tabung Haji.
Pada 8 Mei 2008 di persidangan Dewan Rakyat Menteri di Jabatan Perdana Menteri, Datuk Dr Ahmad Zahid Hamidi memberi penjelasan pendirian kerajaan Malaysia berhubung soalan dari peguam Zulkifli Noordin (PKR - Kulim Bandar Baru).
Jabatan Kemajuan Islam Malaysia (Jakim) mengenalpasti pendakwah antaranya Dr Abdullah Yasin dan Ustaz Hussein Yee sebagai penganut Wahabi yang jelas. Mungkin itulah sebabnya Hussein Yee tidak lagi muncul dalam program dan ceramah agama di televisyen. Mufti Perlis, Dr Mohd Asri Zainul Abidin tidak pula dilabel sebagai wahabi walaupun khabar angin menyatakan beliau seorang wahabi. Negeri Perlis yang tidak mengamalkan bacaan qunut juga dilabel sedemikian.
Majlis Fatwa Kebangsaan telah mengadakan sekurang-kurangnya 6 kali muzakarah atau perbincangan dengan pelbagai pihak sejak 1985 hingga 1998. Pertikaian terbaru dengan Mufti Perlis, Dr Mohd Asri Zainul Abidin pada 30 Ogos 2007 iaitu seorang yang dikatakan pengamal wahabi juga.
Kebanyakan lulusan universiti dari Madinah mengiktiraf ajaran Wahabi ini. Majlis Fatwa Kebangsaan tidak pernah menganggap Wahabi sebagai ajaran sesat. Muzakarah kali ke-40 pada 1996 menyebut bahawa mana-mana golongan yang mengisytiharkan diri mereka tidak bermazhab dan menganggap bahawa dialah orang yang lebih baik di samping mencerca dan menghina golongan yang bermazhab sedangkan mereka berada dalam kelompok yang sama, pendekatan dengan cara perbincangan adalah lebih baik.
